高新技術企業認定程序如下：

（一）企業申請

企業對照本辦法進行自我評價。認為符合認定條件的在“高新技術企業認定管理工作網”注冊登記，向認定機構提出認定申請。申請時提交下列材料：

1. 高新技術企業認定申請書；

2. 證明企業依法成立的相關注冊登記證件；

3. 知識產權相關材料、科研項目立項證明、科技成果轉化、研究開發的組織管理等相關材料；

4. 企業高新技術產品（服務）的關鍵技術和技術指標、生產批文、認證認可和相關資質證書、產品質量檢驗報告等相關材料；

5. 企業職工和科技人員情況說明材料；

6. 經具有資質的中介機構出具的企業近三個會計年度研究開發費用和近一個會計年度高新技術產品（服務）收入專項審計或鑒證報告，并附研究開發活動說明材料；

7. 經具有資質的中介機構鑒證的企業近三個會計年度的財務會計報告（包括會計報表、會計報表附注和財務情況說明書）；

8. 近三個會計年度企業所得稅年度納稅申報表。

（二）專家評審

認定機構應在符合評審要求的專家中，隨機抽取組成專家組。專家組對企業申報材料進行評審，提出評審意見。

（三）審查認定

認定機構結合專家組評審意見，對申請企業進行綜合審查，提出認定意見并報領導小組辦公室。認定企業由領導小組辦公室在“高新技術企業認定管理工作網”公示10個工作日，無異議的，予以備案，并在“高新技術企業認定管理工作網”公告，由認定機構向企業頒發統一印制的“高新技術企業證書”；有異議的，由認定機構進行核實處理。